汕头港于第二次鸦片战争失败后，根据《中英天津条约》和《天津续增条约》规定，1861年辟为对外通商口岸。经过几十年的建设发展，至20世纪30年代，海运贸易已达鼎盛时期。据《潮海关史料汇编》和饶《潮州志》记载：“1932至1937年外洋船进出汕头口岸的船舶艘次和吨位数均占全国的第三位”；“汕头商业之盛居于全国的第七位”。自1939年下半年之后，在日军的侵略破坏下，汕头港便逐渐衰落。

    1938年10月抗日进入相持阶段。当时粤北、江西、湖南以及我国中西部各省进出口货物，悉以汕头为转运枢纽。1939年6月6日，日军大本营下达攻占汕头的命令，调集华南日军21军和海军第五舰队共万余兵力，于6月21日，在20余架飞机掩护下，由40余艘舰艇，分三路进攻汕头：一路从达濠东岗登陆，占领石；一路从新津河登陆，西进东墩、浮陇、金砂，直扑汕头；一路沿新津河溯江而上，至庵埠急转南下，从汕头北部迂回包抄。国民党驻军虽在上述各地进行英勇抗击，但终未能抗御住日军的强大攻势，6月22日下午2时许，汕头市终于陷敌。

    日军入侵汕头后，随即控制海关，关闭港口贸易运输。1939年7月18日开始，日军准许来自香港、南洋的轮船（主要是英国船）载运邮包进口，但不准装载客货，其他国家的轮船一律不准进港。稍后，日军当局特准挂英国旗的商船一艘每周只进汕头港一次，只仅载运邮件、旅客、日用品和食品。汕头港海运贸易权益由日本独占。至1940年11月，日本已有8艘定期和10艘不定期的商船船队通航汕头港。商船进行海运贸易必须由日本政务院发给的特准证、货物才准进出汕头港。中国或其他外国商人如果要在汕头进行贸易的话，就得通过日本和台湾在这里建立的公司办理，由公司提取10%的佣金或收缴规定的手续费。自从汕头被日军占领和关闭港口贸易之后，海关无法对外行使职权（邮包科除外），对由日军当局签发特准证的非官方贸易，海关也无权进行干涉。

    自抗战烽火延及潮汕之后，在敌人的铁蹄下，民不聊生，交通运输事业也随之冷落。汕头通行韩江、榕江、练江各条内河的电船多被日军强拉为军用，汕头至潮阳的电船多避入揭阳。潮汕铁路公司来不及内迁，导致火车机械、枕木全部被日军劫掠一空。汕樟轻便车公司及护堤公路行车公司也随之歇业。汕头航行至潮汕内陆各地的货轮改为驳船及帆船，直至1941年12月太平洋战争爆发（即第二次世界大战）也随之歇业，整个潮汕内外交通闭塞。因此，汕头“商民星散，人口内迁”。在日军占领下，汕头港外轮不敢进港，除日本船军输外，汕头港海运贸易一蹶不振。沦陷前，汕头港的英商怡和、太古两家轮船公司和我国招商局轮船公司在港口的货物堆积如山，陷敌后，仓库货物逐渐减少。

    日军侵占汕头期间，为了军事需要，于1940年由当时的“汕头信合营造厂”在广州街尾（汕头港北岸）海滨建造一座长76.2米,宽12.5米的钢筋混凝土结构码头，日本人称其为“东亚码头”，汕头人称为“军部码头”。至今该码头还遗留残迹，这就是日本帝国主义侵略汕头的铁证。1943年9月1日，4架盟机在汕头港的妈屿口炸沉日轮“白银丸”；1944年7月26日，中美混合机轰炸日军运输舰，致一沉一搁浅；1945年1月7日，盟机轰炸日本军舰2艘，致一沉一搁浅，经过几年的抗战，使日军遭受严重伤亡，日军走投无路，直至1945年8月15日宣布无条件投降。

    抗战胜利后，汕头港恢复航运，各国轮船相继通航汕头港。但由于战争创伤，港口海运贸易不如前期，原有港口6座码头3万平方米的仓库在战火中遭受严重破坏。抗日胜利后，港口只存一个残缺不全的木栈桥趸船码头和几十间破旧仓库。至1949年10月汕头解放前夕，每年港口吞吐量只有三四十万吨。