此前，围绕着南澳１号古沉船的保护，以及如何发掘它的旅游考古价值，专家们有着不同的意见。方展伟介绍，有报道称有关方面计划投资１．９亿元，在南澳县云澳镇老园村云盖寺旁建立广东南澳Ⅰ号古沉船博物馆，展示南澳Ⅰ号发现、保护、抢救、发掘的全过程以及相关文物史料，据称该地点依山傍海，风景秀丽，可看到‘南澳Ⅰ号’的发掘地。

对此，方展伟有不同看法。他认为，南澳Ⅰ号博物馆的设计除了考虑其考古研究功能，还需要有一个别出心裁的构思，尤其要与南海Ⅰ号博物馆不能类同，以吸引人们的旅游兴趣。

方展伟认为，开发南澳Ⅰ号旅游功能的理想设想是把博物馆直接建在海底。据报道，南澳Ⅰ号沉船位置在南澳岛云澳海域的乌屿与半潮礁之间，距水面２４米～２６米。这个位置离南澳岛陆地约在３公里以内。这样做的好处一方面是把博物馆建在水下，节约了宝贵的土地资源，可减少征地等各项支出；同时，还可以大量节省开发运营成本。

方展伟建议，可将南澳Ⅰ号水下沉船博物馆与其它的旅游项目进行综合考虑，做近、中、长期规划，配套开发。近期可将水下旅馆，水面海上观光平台等综合为一体，成为一个完整的配套项目。

此前，在有关的会议上，原任南澳县副县长主抓南澳旅游工作，现为南澳县委主委、纪委书记姚玳勇也曾就南澳Ⅰ号水下沉船博物馆表达过相同的看法。姚玳勇说，南澳的水域条件优越，海水能见度很高，适合开展高端的旅游娱乐项目浮潜，如果将南澳Ⅰ号水下沉船建为海底博物馆，游客可以浮潜到海底观摩，无疑将是一项具有很大吸引力的旅游项目。