潮人对自然的祭拜，除上述所说的祭天地日月、风雨雷电诸神外，还有对山川、河海的崇拜。    
    山神是主一处大山或名山的神。在潮汕，潮人最普遍奉祀的山神是具有本地特色的三山国王。揭西县城西郊有一座历史悠久的三山祖庙，因庙奉祀三山国王而又称“三山国王庙”。宋太宗曾赐匾额“明贶庙”；庙所在地古属揭阳霖田都，故又名“霖田祖庙”；又因庙宇恢弘，威灵远振，而当地群众惯称为“大庙”，谓庙祀之神祗为“大庙爷”。元刘希孟所撰的《明贶庙记》云：“肇迹于隋，显灵于唐，封于宋。”这表明该庙始建于隋代，距今有1400多年的历史，为潮汕地区最古老的神庙。三山祖庙现已修葺一新，增其旧制，庙宇更为金碧辉煌，气势雄伟，已成为旅游胜地。每年都有来自粤东各地的信众前来祭拜，香港、台湾、澳门同胞和海外侨胞也常常到此来祭拜，以慰思乡念祖之情。
    潮汕地区的三山国王庙总数约有300多座，周边地区以至台湾及东南亚有潮人足迹之地也都设有其庙，且历来香火甚旺。
    潮汕地区沿海多岩岸，由于常遭风雨侵蚀，出现了很多奇形怪状的石头，故潮人也有对石头进行祀拜的。潮阳东山有一巨石，被人们称为“石部父母”。海门莲花峰旁有三块巨石，顶天立地，雄伟壮观，远看好像是并排着的海帆，被封为“镇海将军石”、“宁海将军石”和“靖海将军石”。南澳雄镇关附近，有一“石娘妈庙”，祭拜的也是一块石头。相传此石曾化为老妇人，为流亡的南宋末代皇帝指点过路线。潮汕各地乡村的神庙，大多也与石头结下不解之缘，或是建于石旁，或是建于石洞里，表明了潮人对山石的崇敬之情。
    潮汕濒临南海，潮人也造出了很多海神，如澄海莱芜岛的莱芜神女，就是澄海人民造出来的一个重要的海神。民间传说她是天神凤凰仙姑的弟子，当看到莱芜岛渔民常受海怪“乖鱼精”的侵害时，便私自下凡，为民除害。此事被玉帝知道后，遭到曝尸海边的惩罚。后来尸体化成莱芜岛，今之东屿即她的头颅，海边两座山是她的乳房，东屿附近有一片赤褐色的石堆是她所流的鲜血，南北两屿是她的屐桃(小木屐)。她世世代代保护着该地渔民的安全。潮汕地区最受民众崇拜的海神是妈祖。妈祖又称天妃、天后、天上圣母，是中国东南沿海人民共同信仰的、保护航海安全的海上女神。在潮汕，凡是近海邻江的村
镇，几乎是无处不建妈祖庙(宫)，仅一个汕头埠就有近10处，如出海口妈屿岛上就有著名的新、老两座妈宫，这个小岛也因为岛上修建有妈祖庙而被称为“妈屿”。老市区升平路头有老妈宫，杉排路天后右巷有新妈宫等。全潮汕共有多少座妈宫，难计其数。
    另外，据史料记载，在信仰妈祖海神以前，沿海各地就有祭祀龙王爷的习俗，自宋元以后才逐步被妈祖所代替。潮汕地区现存的广德祠实际上是由东海神衍化而来的，澄海樟林新兴街头现在还供奉着东海神。汕头玉井乡的南海圣王庙，则祭南海神洪圣广利王。
    潮汕除海神外，还有潮神、江河湖塘神。潮水神，俗称为水父水母。每年农历九月初三和十月初四为潮汕沿海江河潮水涨得最高的日子，潮俗以此为水父水母诞辰。有潮水涨落的地方居民，常备三牲、果品到江河岸边祭拜。潮汕乡村多池塘湖泊，过去常发生小孩溺水而不死的事件，人们认为这是水里的八卦神保佑的结果，于是小孩的母亲便要备办三牲到水边祭拜，以答谢水神保佑之恩。
    潮汕地区过去没有自来水，潮人喜欢饮用井水，对井水格外热爱，认为井水也有井神，俗称为井公井妈。人们认为水井是井公井妈所有，是圣洁的地方，故不能在上面晾晒衣服，尤其是女人的裤子和用物，因为那样会亵渎了神明。水井里的鱼虾是井公井妈的子孙，谁也不能打它们的主意。打水时，水桶要避开它们，若不慎打上来，就得迅速重新放下去。过门的新娘也要先到井边焚香叩首祭拜井公井妈，然后亲手打起一桶水，一半洒向四方，一半倒回井里，此后才能到井台打水，这叫“煞井”。到了除夕夜，各家各户水缸挑满水后，要用箩筐盖在井口“封井”三天。正月初三开井那天，由族长率众在井台焚香祭祀井公井妈，随后，自长辈至晚辈依次打一桶水，大家共享新年利水。潮人离乡外出读书或工作，启程前夕其母或其妻总要捞起一杯井里的水和泥，让其随身携带，到了客地再把它投进新的水井里，以祈顺服他乡水土。