总兵府是明清时代的称呼，是南澳总兵的衙署，位于深澳镇大衙口。最初建于明朝万历四年(公元1576年)，是当时的南澳副总兵晏继芳建造。万历九年，副总兵侯继高增建总兵府的后楼，成为―个完整的总兵衙署。以后历经多次重建和修缮.现在的建筑是1983年重新修建的。门前一对青麻石雕刻的石狮就是明代的遗物。
    由于南澳岛地处东南沿海，介于粤东与闽南之间，是军事要地，封建统治者怕这里拥兵自重，所以一个小小海岛竟划两半，由广东和和福建各管一半.中间有雄镇关做为分界线.明清时海禁很严.朝廷限制愈厉害,民间走私活动愈猖獗.加上外有倭寇的侵扰,扔泻５僚叹,朝廷派驻的士兵越来越多,南澳的规格也逐步升级 ,最后成为管制闽粤台的重要军事基地.
    自明万历三年(1575年)开始设南澳副总兵到清王朝终结的1911年的336年间，两朝到南澳上任的总兵副总兵共有170余任，他们都为国家的海防建设作出过贡献。衙署已辟为博物馆，保存有许多重要海防资料。总兵府前有两棵大榕树，已有410年的树龄，其中一棵树围达14米，枝叶繁茂，生机旺盛。据说明朝末年郑成功曾在树下讲演，招兵去收复台湾。所以这棵树后人又称“招兵树”。1997年树下又增置郑成功花岗岩雕像一座，以为纪念。
    总兵府内的《南澳镇总兵史料陈列》，把南澳设镇前形势和设镇后总兵相继莅任与他们的主要业绩、海防要事、历史遗存以及相关的史料有条不紊地向人们展示，使人们对南澳总兵史的认识有了一个基本的轮廓。版面上有一件“南澳镇城廊暨总兵府署金漆贝雕屏风图照”，让我们看到了三百多年前南澳城及总兵府署的环境风貌,十分难得。原件作于清康熙三十八年(1699年)，高3米，宽6米，由12幅小屏风组合而成。府前照壁上镶嵌的石雕“闽粤交界碑”，展示了南澳这个地方历史上“两省管、管两省”的特殊地位。认真参观，耐人寻味。
    总兵府前陈列有八千斤，六千斤土炮各一尊。据炮上铭文，是清代道光二十年(1840年)铸造。这两尊炮原分别架设于深澳草寮尾和深澳东门外，1984年移放于此。
    总兵府右侧院墙上镶嵌着23块历代保存下来的南澳古碑，其中一块是中国最早的港务约法，一块税务碑，还有多块诗词题刻，均具重要的历史文物价值。